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CREACION DE LA SIMULACION
Los siguientes botones son enlaces que permiten encontrar facilmente los diferentes programas requeridos para iniciar una simulacion en dinamica molecular ademas de los tutoriales que se puedan requerir para manejar con mayor propiedad el programa de simulacion
CHARMM
Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics
Este programa permite construir y preparar simulaciones de dinamica molecular, en este sitio podras encontrar un tutorial completo y de facil entendimiento para instalar y desarrollar tus simulaciones utilizando el programa CHARMM, en esta pagina encontraras ejemplos completos del diseño y desarrollo de scripts que permiten realizar estudios utilizando campos de fuerza bien definidos.
CHARMM GUI
En esta pagina encontraras todo lo relacionado con los archivos .pdb (Protein Data Bank).
te permite descargar los archivos de cualquier proteina utilizando el codigo de la proteina, ademas realiza la solvatacion y genera los archivos relacionados como .psf y .crd y te permite realiza la equilibracion del sistema y crear tu propia caja de aguas.
VMD
VISUAL MOLECULAR DINAMICS
Este programa como su nombre lo indica permite visualizar moléculas definidas por RMN o cristalografÃa de rayos X, que se encuentran en la base de datos de PDB, ademas ofrece una amplia variedad de herramientas de representación para obtener gráficos mucho mas definidos en 3D, en si, VMD permite ver las trayectorias de una dinámica molecular realizar por medio de simulaciones.
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