METODO DE SIMULACION PULL AND WAIT
Como tal el objetivo del desdoblamiento de proteinas es encontrar las propiedades fisicas como energia, interacciones y al mismo tiempo poder realizar un analisis y compararlos con los resultados experimentales, enseguida se muestran algunos un metodo de simulacion utilizados en el desdoblamiento de proteinas que ha dado resultados interesantes y comparables con los experimentos en (AFM).
PULL AND WAIT (PNW)
Este metodo fue creado por los doctores en biofisica German Pabon y Mario Amzel (ver articulos relacionados), este metodo permite aplicar fuerza sobre los carbonos terminales de la proteina en cualquiera de los residuos realizandolos paso por paso, es decir, que se aplica la fuerza y espera a que haya un equilibrio en el sistema de forma tal que no se realiza a "velocidad" constante y permite observar el comportamiento durante este proceso.
PNW aplica fuerza armónicas por ejemplo, a los carbonos terminales de las proteínas, manteniendo estable el primer carbono terminal como si fuese un punto fijo y moviendo el ultimo carbono terminal por medio de la fuerza una distancia (x). Esto se hace como su nombre lo indica jalando y esperando a que se efectúe un equilibrio con el sistema, es decir, que las simulación se hacen por pasos. se aplica la fuerza armónica como si fuese un resorte, se espera a que se equilibre el sistema y vuelve y se ejecuta la acción hasta obtener los picos de resistencia de la proteína a la fuerza aplicada, en promedio las “velocidades” a las cuales se aplican la fuerza son mucho menores a las realizadas en Steered Moleculas Dynamics (ver articulo relacionado) y comparables a las de AFM , obteniéndose fuerzas alrededor de los 400pN y 2000pN.
Figura tomada del articulo titulado: Mechanism of Titin Unfolding by Force: Insight from Quasi- Equilibrium Molecular Dynamics Calculations.