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RESULTADOS DE LAS SIMULACION, UTILIZANDO EL METODO PNW

Fuerza vs Extension

Fuerza vs Extension

Gráfica. Curva de fuerza frente a la extensión de la proteína calculada a una temperatura de 300K utilizando un coeficiente de elasticidad de 3Kcal/molA^2

Fuerza vs Extension

Fuerza vs Extension

Gráfica. Curva de fuerza frente a la extensión de la proteína calculada a una temperatura de 300K utilizando un coeficiente de elasticidad de 4Kcal/molA²

Fuerza vs Extension

Fuerza vs Extension

Gráfica. Curva de fuerza frente a la extensión de la proteína calculada a una temperatura de 300K utilizando un coeficiente de elasticidad de 5Kcal/molA²

Rompimiento puentes de hidrogeno

Rompimiento puentes de hidrogeno

Distancia entre los cuatro principales puentes de hidrógeno de las hebras A´ y G de I27, entre sus donadores y receptores (CO-NH). Simulación a 3Kcal/molA² a una temperatura de 300K.

Rompimiento puentes de hidrogeno

Rompimiento puentes de hidrogeno

Distancia entre los cuatro principales puentes de hidrógeno de las hebras A´ y G de I27, entre sus donadores y receptores (CO-NH). Simulación a 4Kcal/molA² a una temperatura de 300K.

Rompimiento puentes de hidrogeno

Rompimiento puentes de hidrogeno

Distancia entre los cuatro principales puentes de hidrógeno de las hebras A´ y G de I27, entre sus donadores y receptores (CO-NH). Simulación a 5Kcal/molA² a una temperatura de 300K.

Rompimiento puentes de hidrogeno

Rompimiento puentes de hidrogeno

Distancia entre los cuatro principales puentes de hidrógeno de las hebras A´ y G de I27, entre sus donadores y receptores (CO-NH). Simulación a 2Kcal/molA² a una temperatura de 350K.

Resultados

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Las gráficas mostradas a continuación son el resultado de las simulaciones llevadas a cabo con valores de coeficiente entre (3-5Kcal/molA) a 300K y una simulación a 350K con coeficiente de 2Kcal/molA. Se representa el valor de la fuerza y la extensión promedio de cada una de ellas, la distancia y el tiempo de rompimiento de los puentes de hidrógeno y el papel de las moléculas de agua en dicha desestabilización.
 

Analisis de resultados

Se observa que la fuerza aumenta considerablemente durante los primeros 5 pasos de simulación (simulaciones cortas de 200ps cada una con un tiempo de relajación de 30ps), esto indica que durante un intervalo de tiempo de 1000 a 1200ps se obtiene el rompimiento de la columna de puentes de hidrógeno que mantienen estable el dominio I27 y en el intervalo inmediatamente anterior (800 a 1000ps) se obtienen la mayor resistencia a la desestabilización.

 

A medida que el coeficiente de elasticidad aplicado es mayor los picos de fuerza son mayores y varían entre (600 y 900pN), pero después del rompimiento los valores de la fuerza de cada simulación disminuyen a un valor ~400pN.

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PROTEINAS, AMINOACIDOS, SIMUALCIONES.

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